Pymol_win_32.zip をダウンロードして、任意のフォルダに解凍した。 事前にPython2.7がインストールされている必要がある。 自分はpython(x,y)を事前にインストールしておいた。 これは理系用のツールが最初から入ってるから便利（numpyとかmatplotlibとか）。
パソコンで、メールやWebサイトからダウンロードしたファイルがどこに保存されたか分からない。そんな時、まずは探してみたい場所と、保存先を変更する方法をご紹介します。 リンクをクリックするだけでファイルをダウンロードできるようにするには、HTML5のdownload属性を使う方法とJavaScriptコードを使う方法がある。 「ダウンロード」フォルダーを確認する. ファイルをダウンロードすると、自動で「ダウンロード」フォルダーに保存されます。このフォルダーを開くと、目的のファイルが見つかります。 「スタート」画面から開く ファイルを開く・フォルダーを開く・ダウンロードの表示」のポップアップが出ます。 ・ケース2：ダウンロード時に「~からxxを開くか、または保存しますか？ ファイルを開く・保存・キャンセル」のポップアップが表示される。 IEやMicrosoftEdgeなどのブラウザを使用してファイルをダウンロードしたときに保存先となる「ダウンロード」フォルダについて、この記事では、フォルダの場所や表示方法だけでなく、規定のダウンロードフォルダを変更する方法と誤ってダウンロ 必要に応じて様々なフォーマットから選択してダウンロードすることができます。 PDB File (Text)を選択するとテキスト形式のPDBファイルがダウンロードされます。 ここでは、 PDB IDが1AKEなので、ダウンロードしたファイル名は1AKE.pdbになります。
2016/01/31 と云うことで、「PyMOL」をダウンロードしてインストールしました。 フリーで使えるのは、旧版ですね。 Windows で動く実行形式ファイル(pymol-0_99rc6-bin-win32.zip)をダウンロードし、 解凍して出てくる“SETUP.EXE”でインストール。 2.ファイルの種類PyMOL Session File(.pse)を選んで名前を付けて保存 保存したpseファイル開くことで、セッションを呼び出すことができます。 画像の保存; そのままではぎざぎざとして画像が粗いのでRay tracingを行ったあとで、画像を保存します。 これら4つのファイルをPython.exeがあるファイルに移動する。Python.exeがあるファイルは、Windowsの検索窓にPython.exeを入力し、「コマンドの実行」と薄く書かれた一番上の候補を右クリックして「ファイルの場所を開く」で開くことができる。 Scripts\pip install pymol_launcher-1.0-cp27-cp27m-win_amd64.wh PyMOL実行ファイルは、C:\Python27\PyMOL.exeです。 PyMOL.exeのショートカットを作成しておくと便利です。 (右クリック→送る→デスクトップ(ショートカット作成)) MacPyMOL Macの方はコチラからどうぞ。 pymolは複数のpdbファイルを続けて開くことができます。 複数のPDBファイルを読み込むと、Viewerの右上に読み込んだファイルの名前が表示されます。 例では「4DC3-mono」というファイルと「dna」というファイルを読み込みました。
いつもお世話になります。mkmarimoです。 初心者的な質問かもしれませんが、Visual Studioでプログラムをビルドするときに、 同時に出力されるPDBファイルについて質問させてください。 PDBファイルはプログラムデータベースファイルの略で、デバッグ時のシンボルとなる 講義の予定 1. 4月19日（火） 担当：寺田透 内容：立体構造データベースの利用と立体構造データの可視化 2. 4月26日（火） 担当：永田宏次 内容：X線結晶構造解析による立体構造決定のインフォマティクス 3. 5月10日（火） 担当：寺田 PDBファイルを開く方法は？ PDBファイルを開くときに最も発生しがちな問題は、デバイスに適切なアプリケーションがインストールされていない、というごく単純な理由によるものです。その解決法は簡単です、このサイトで見つかったPDBをサポートするプログラムのリストから、1つ（又は複数 Deltaソフトウェアのダウンロードにつきまして 本資料はNMRデータ処理ソフトウェアDelta(v5.0またはv4.3)をJEOL USA社ホームページからダウン ロードする際の手順を説明するものです。ダウンロード版DeltaはDeltaソフトウェアに興味を持たれて ダウンロード – 3BDYをクリック – Download/Display をクリック – PDB format all pdb3bdy.ent(389k)のdownloadをクリック • PyMOLで開く – 配列を表示させる – Cartoon表示する – 各ペプチド鎖を別の色で表示 課題：以下の図を作成し ファイルで書き出すならFile -> Export Movie As.. 参考URL: MovieSchool Making Movies (PyMOL Wiki) Case 2: 構造変化させる 2つの異なるコンフォメーションの構造を用意する。>fetch 4wh1 >fetch 4ocv 構造を重ねる >align 4ocv, 4wh1
ファイルをダウンロードする際に、既定では保存するかどうかを確認するダイアログ ボックスが表示されますが、メッセージを表示しないように設定した場合、次回から同じ種類のファイルには確認メッセージは表示されなくなります。 また、「Chromeでは『保存』しかできません」とありますが、ウインドウ下部に表示されるダウンロードしたファイルの右の「^」をクリックして出てくるメニューの「この種類のファイルは常に開く」を選択すれば、次回からはダウンロード後に対応するアプリケーションで自動で開いてくれます。 Excel VBA（マクロ）で指定したフォルダからファイルを選択して開く方法についてお話しさせて頂きました。 ファイルを選択して使うことはありますが、フォルダを指定した方が効率が良い場合が多いです。 参考にして頂ければと思います。 編集後記 検証環境 Windows 10 Pro 64bit (April 2018 Update) Google Chrome 68.0.3440.75 64bit 症状 Chromeでダウンロードしたjpegファイルが勝手に開く現象が起きた どうやら間違って「この種類のファイルは常に開く」を押したらしい ファイルが完全にダウンロードされませんでした（同じ場所からもう一度ファイルをダウンロードするか、Eメールの添付ファイルをもう一度開きましょう）。 PDBファイルをサポートするインストール済のプログラムが'Windowsレジストリ'に存在しません ししゃもです。Windows標準で搭載されているブラウザ「IE11」で何かをダウンロードした際に普段は表示されているある項目が表示されない現象が起こり結構はまったので、試したことをまとめます。 Windowsでは、ファイルタイプとアプリケーションを関連付けることで、エクスプローラーから対応アプリケーションを自動的に起動できる。だが
また、「Chromeでは『保存』しかできません」とありますが、ウインドウ下部に表示されるダウンロードしたファイルの右の「^」をクリックして出てくるメニューの「この種類のファイルは常に開く」を選択すれば、次回からはダウンロード後に対応するアプリケーションで自動で開いてくれます。
